长崎县三面环海，伸出岛原、长崎、西彼杵、北松浦四个半岛，还包括对马、壹岐、五岛列岛等海岛。长崎县的海岸线属里阿斯式海岸，地形复杂、景色秀丽、渔业资源丰富。长崎县的主要人口分布在长崎市和佐世保市。 长崎县位于日本的西端，是日本距离亚洲大陆最近的地方。跟朝鲜半岛和中国大陆特别近，长崎港距中国上海860公里，对马岛距韩国釜山仅有53公里，是日本和亚洲大陆的交流窗口。